Das natürliche Gewässersystem im Gebiet des Naturparks Saar-Hunsrück besteht zum größten Teil aus Fließgewässern (Mosel, Saar, Ruwer, Nied, Nahe, Blies, Oster). Stehende Gewässer (Riveristalsperre, Primstalsperre, Steinbachtalsperre, Keller See, Losheimer See und Bostalsee) kommen eher selten vor und wurden zum Teil künstlich angelegt. Das dominierende Fließgewässer im Naturpark Saar-Hunsrück ist die Saar, zweitgrößtes Gewässer ist die Nahe. Daneben sind mehrere Mittelgebirgsbäche des Hunsrücks zu nennen wie z. B. Ruwer, Prims, Riveris, Wadrill, Traun und Idarbach.
Die morphologischen und geologischen Gegebenheiten bestimmen die Grundwasserverhältnisse, so dass eine Einteilung in Grundwasserlandschaften eng mit dem Aufbau des Untergrundes zusammenhängt. Das Relief beeinflusst vor allem die Niederschläge und deren oberirdisches Verhalten. Grundwasserneubildung und -speicherung sowie die natürliche Grundwasserbeschaffenheit hängen maßgeblich von der Bodenstruktur und dem geologischen Aufbau des Untergrundes ab. Im Naturpark Saar-Hunsrück liegen aufgrund der geologischen Gegebenheiten recht mannigfaltige hydrogeologische Verhältnisse vor.
So gibt es zum Beispiel eine Reihe von über die Region hinaus bekannten Mineralbrunnen, die aufgrund der geologischen Gegebenheiten und einer wasserrechtlichen Zulassung natürliches Mineralwasser gewinnen dürfen. Dieses natürliche Wasser hat seinen Ursprung in unterirdischen, vor Verunreinigungen geschützten Wasservorkommen. Die Schichtquellen im Muschelkalk (z. B. im Bereich des Saargaus) schütten das ganze Jahr über sehr beständig. Im Sandstein tritt Grundwasser aus Schicht-, Störungs-, Talrand- und Talbodenquellen aus. Auch die Quellschüttungen im Hunsrück sind beständig, und durch die überwiegende Waldbedeckung ist diese Grundwasserlandschaft relativ gut gegen anthropogene Einflüsse geschützt. Viele Quellen treten am Rande der Quarzitzüge bzw. in den Hangschuttflächen aus, meist dort, wo das Grundwasser auf gering durchlässigem Untergrund gestaut wird (Überlaufquellen). Die Schüttung dieser Quellen ist in erster Linie von der Größe des Einzugsgebietes sowie von der Mächtigkeit der Schuttdecken abhängig.